Ukształtowana podczas ostatniego zlodowacenia Bałtyckiego Nizina Gardnieńsko-Łebska to rozlegle obszary mokradeł, torfowisk i łąk. Wzdłuż brzegów jezior i w ich sąsiedztwie dominuje trzcina pospolita Phragmites australis, która rośnie łanowo i dzięki silnej ekspansywności jest przyczyną m.in. stopniowego lądowacenia tych zbiorników. Wysokie szuwary tworzą również gatunki mniej ekspansywne np. manna mielec Glyceria maxima czy mozga trzcinowata Phalaris arundinacea. Rośliny wodne to nieliczna grupa we florze Parku. Płytkie wody jezior to siedlisko oczeretu Scirpus lacustris, grzybieni białych Nymphaea alba, grążela żółtego Nuphar lutea o dużych pływających liściach. Wśród drzew dominuje sosna zwyczajna, która dzięki niewielkim wymaganiom troficznym zajmuje najbardziej ubogie siedliska. Roślinność jezior z pasami szuwarów wokół nich, roślinność wydm, łąk i lasów decydują o unikatowości i niepowtarzalności flory SPN. Charakterystyczną jej cechą jest obecność gatunków na wielu na pozór zupełnie odmiennych od siebie siedliskach, jak np. wrzośca bagiennego Erica tetralix na torfowiskach wysokich, w wilgotnym nadmorskim borze bażynowym i w zagłębieniach deflacyjnych. 

Przyczyną tego zjawiska jest oligotroficzne (kwaśne o ph>5 i ubogie w składniki mineralne) podłoże, warunkujące występowanie roślin o niewielkich wymaganiach troficznych, lecz o różnych potrzebach wilgotnościowych. Dlatego częstym zjawiskiem jest współdominacja w zbiorowiskach roślinnych na skrajnie ubogich siedliskach jedynie 2-3 gatunków. Przemierzając SPN możemy więc zauważyć, że większość flory to wydmowe psammofity, gatunki borowe oraz gatunki torfowisk wysokich i przejściowych, budujące zespoły z niewielkiej liczby gatunków występujących w dużej obfitości. Z roślin zielnych najbardziej rozpowszechnione są formy wąskolistne czyli trawy i turzyce, które wraz ze składnikami borów sosnowych i torfowisk zajmują największe powierzchnie Parku. Spośród 920 gatunków roślin naczyniowych występujących na terenie SPN, 77 to gatunki objęte ochroną ścisłą a 15 ochroną częściową. Wśród nich jest wiele gatunków rzadkich i zagrożonych na Pomorzu, a także w skali całej Polski. W grupie tej dominują rośliny siedlisk wilgotnych i podmokłych. Są to mchy torfowce, wszystkie gatunki rosiczek, widłaki. Do coraz rzadszych gatunków należą storczyki. Najczęstszym z nich w nadmorskich borach bażynowych jest tajęża jednostronna Goodyera repens. Na nadmorskich wydmach nielicznie występują kocanki piaskowe Helichrysum arenarium, mikołajek nadmorski Eryngium maritimum. Do roślin, na terenie SPN, zagrożonych wyginięciem w skali kraju, ze względu na ich nieliczne stanowiska występowania oraz specyficzne warunki życia należą m.in.: przygiełka brunatna Rhynchospora fusca, lnica wonna Linaria odora, turzyca błotna Carex limosa. Pomimo wielowiekowej działalności człowieka flora Parku jest słabo zsynantropizowana. Siedliska wydmowe, mokradła i lasy stanowią naturalną barierę dla nowych gatunków które wymagają dobrych warunków świetlnych i troficznych. Antropofity utrzymują się głównie przy osiedlach ludzkich. Należą do nich starzec zwyczajny Senecio vulgaris, śnieżyczka przebiśnieg Galanthus nivalis, naparstnica purpurowa Digitalis purpurea. Zachowaniu naturalnego charakteru roślinności sprzyja brak dużych aglomeracji miejskich i ośrodków przemysłowych w okolicach SPN.