Obok zbiorowisk leśnych spotyka się tu zbiorowiska naskalne i piargowe, a także związane z działalnością człowieka zbiorowiska półnaturalne (łąki, pastwiska). Na obszarze Pienin stwierdzono występowanie około 1100 gatunków roślin naczyniowych, 400 gatunków glonów, 320 gatunków mchów i wątrobowców, 470 gatunków porostów, 1200 gatunków grzybów.

 

W Pieninach rosną dwa endemity (gatunki nigdzie indziej na świecie nie spotykane): mniszek pieniński, pszonak pieniński oraz odmiany endemiczne: chaber barwny, rozchodnik ostry odmiana wapienna, bylica piołun odmiana wapienna.

 

Występują tu również relikty - rośliny, które przetrwały na swoich stanowiskach z wcześniejszych okresów geologicznych i żyją w izolowanych populacjach znacznie oddalonych od zwartych areałów występowania gatunku: chryzantema (złocień) Zawadzkiego, jałowiec sawina, dębik ośmiopłatkowy. 

 

Na obszarze Pienin wyraźnie wyodrębniają się trzy podstawowe kompleksy środowiskowe, różniące się zdecydowanie charakterem roślinności:

- dolina Dunajca oraz większych jego dopływów, Krośnicy i Grajcarka, pozbawione obecnie na znacznych przestrzeniach swych naturalnych zbiorowisk roślinnych, przede wszystkim lasów łęgowych (znaczne obszary w dolinach zajmują osiedla, pola uprawne, łąki i pastwiska),

- stoki północne, na których dominują mezofilne lasy jodłowo-bukowe, a także pola i łąki,

- stoki południowe, silnie nasłonecznione, w dużej części zajęte przez naturalną roślinność naskalną oraz ciepłolubne lasy jodłowo - bukowe, a także grunty orne i suche pastwiska.